臭豆腐品种多样，不同地区有不同的臭豆腐，而且制作工艺也有较大差异。现在臭豆腐的种类主要有三种：长沙臭豆腐、绍兴臭豆腐、北京王致和臭豆腐。另外，在台湾地区也有一种比较特别的臭豆腐。
长沙臭豆腐：长沙臭豆腐是目前最著名、影响力最大的臭豆腐，全国各地都可以看到打着长沙臭豆腐招牌的摊档，其中以长沙火宫殿的臭豆腐最为正宗。长沙臭豆腐是黑色的，淋上辣椒、蒜之类的酱汁，风靡全国。
绍兴臭豆腐：绍兴臭豆腐是用霉觅菜梗制成的卤汁做成的，没有了黑黑的颜色，经过油炸之后呈金黄色，卖相非常好。吃的时候蘸上辣椒酱或黄豆酱之类的酱汁。
王致和臭豆腐：王致和臭豆腐明显有别于长沙和绍兴的臭豆腐，因为它准确地说属于腐乳，装在玻璃瓶中出售，是绝对不能油炸的，一般是用来蘸馒头和大饼。
另外，在台湾地区有一种臭豆腐叫深坑臭豆腐，它是一大块儿，不油炸，闻起来有酸臭味，吃起来酸酸的，味道很特别，口感和老豆腐差不多。它直接就可以作为一道菜，十分下饭。此外，台湾还有以臭豆腐为底料的火锅，名为臭臭锅，有机会去台湾旅游的朋友记得品尝一下。