虽说臭豆腐有寒中益气，和脾胃的功效，也有预防老年痴呆症的作用；但是不得不引起重视，研究证明，豆制品在发酵过程中会产生甲胺、腐胺、色胺等胺类物质以及硫化氢。它们具有一股特殊的臭味和很强的挥发性，多吃对健康并无益处。
此外，胺类物质存放时间长了，还可能与亚硝酸盐作用，生成强致癌物亚硝胺。除了致癌之外，臭豆腐还可能引起人体的胃肠道的疾病。臭豆腐在发酵过程中，会挥发大量盐基氮，有一种叫“肉毒梭菌”的毒菌，常会随臭豆腐的制作而繁衍其中，而肉毒杆菌是一种致命病菌，在繁殖过程中分泌毒素，是毒性最强的蛋白质之一。人们食入和吸收这种毒素后，神经系统将遭到破坏，出现头晕、呼吸困难和肌肉乏力等症状。肠胃不好的尽量不要吃，而且臭豆腐一次不要吃得太多，以免引起胃肠道疾病。