大人调节肠道菌群的药主要包括益生菌、益生元、合生素等，以益生菌类药物应用最为常见。
益生菌类药物可以构建肠道微生态平衡，含有双歧杆菌、枯草杆菌、乳酸杆菌、地衣芽孢杆菌的一些微生态制剂。常用药物有，双歧杆菌三联活菌胶囊、双歧杆菌乳杆菌三联活菌片、乳酸菌素片、地衣芽孢杆菌胶囊、布拉氏酵母菌散、复方嗜酸乳杆菌片、酪酸梭菌二联活菌胶囊、凝结芽孢杆菌活菌片等。温水冲服，避免和抗生素药物联用。
益生元主要是营养保健使用，促进肠道有益菌的繁殖，抑制有害细菌生长，包括乳果糖、蔗糖低聚糖等；合生素是一种益生菌和益生元成分都有的制剂，临床应用少一些。