尖锐湿疣是一种难治性性传播疾病，容易复发或再感染。
1.复发
(1)复发时间及原因。尖锐湿疣每发的间隔时间为2个月至2年，常见于治疗后前3个月，可能与损害周围组织未经治疗的亚临床感染有关。
(2)复发概念与标准。经治疗后可见的损害全部消失至少1个月，在排除再感染的情况下，于治疗区或其他部位又出现可见的组织损害，3个月以内复发者称为早期复发，3个月以上者则为晚期复发。多数患者皮损会多次复发，复发的间隔时间为2个月至2年，常见于治疗后3个月。潜伏感染与复发密切相关。其原因可能是：其一，治疗不彻底，皮损未完全清除，亚临床感染皮损持续存在或皮损周围存在潜伏感染；其二，局部伴发因素的存在，如男性包皮过长，女性阴道炎或宫颈炎等；其三，患者全身或局部免疫状态低下。
2.再感染
指患者临床治愈后又出现新的HPV感染，或与新的性伴侣或未愈的配偶发生性行为而导致新的损害发生。再感染的诊断应结合病史和HPV型别检测，同型HPV感染可能支持复发，而异型HPV可能支持再感染。