再次障碍可能发生在怀孕过程中，偶然合并或与怀孕有关。有些患者需要支持治疗，有些患者在怀孕结束后会自行缓解。
再次患者怀孕后，怀孕期间的疾病有可能发展，特别是IST后，缓和者的复发风险很大。成功移植异基因骨髓的患者，怀孕不会增加复发风险。廊坊市中医院血液科徐文江
最近对36名接受IST再障碍妊娠的研究发现，近半数孕妇与孕妇或胎儿并发症:5例早产、3例流产(其中1例为自然流产)，但所有生育儿正常发育的2例孕妇发生子痫，2例孕妇产后死亡。19%复发，14%怀孕期间需要输血。妊娠前血细胞计数正常，不能保证妊娠期再次发生障碍。与患者及其家属讨论孕妇和胎儿潜在的一系列风险是很重要的。告知相关风险后，患者最终决定是继续怀孕还是终止怀孕。
由于预防措施比几十年前有了很大的改善，很多重症患者可以安全度过孕期。单中心研究报告显示，14名患者只支持治疗，输血维持血红蛋白>80g/L，血小板>20×109/L，孕妇死亡1例。妊娠再障碍患者主要支持治疗，输注血小板可能维持患者血小板计数在20×109/L以上。
孕晚期重症再症患者使用ATG治疗后，有1例报告称，孕妈会产生正常健康的婴儿，但在怀孕期间使用ATG是很危险的，所以一般不建议怀孕使用ATG。肾移植经验表明，应用CsA是安全的，孕期患者可以考虑CsA治疗。另外，一般人口的调查显示CsA不会增加畸形风险。如果患者需要输血或血细胞计数下降，则需要输血支持，建议口服CsA治疗5mg/kg/d维持血药浓度在150-250μg/l之间。CsA起效很慢，一般在6-12周。
最后，妊娠期间应该严密监测患者自身情况和血象情况，但到后期应该更加频繁，评估患者疾病严重程度，必需和产科及全科医生保持密切联系。由产科医生决定结束妊娠的方式。