得了慢性肠炎应该调整和控制饮食，要避免辛辣刺激的饮食，避免油腻、生冷的食物，避免饮酒。另外，要注意精神情绪的调节，避免焦虑、紧张，要调整工作、生活的节奏，避免过于劳累，要注意腹部不要受凉，如果有明显腹泻，可以对症服用蒙脱石散。多数慢性肠炎都伴有肠道菌群失调，可以服用各种益生菌。
慢性肠炎有多种病因，需要到医院就诊，针对不同的病因采取相应的药物治疗。如果是感染性腹泻，常常需要使用抗生素治疗。如果是结核杆菌引起的肠炎，需要进行正规的抗结核治疗。如果是自身免疫性疾病，比如炎症性肠病，需要进行长期的免疫调节治疗或者美沙拉嗪、生物制剂治疗。由于有些肠炎，如肠结核或者炎症性肠病需要长期服药，因此应该在长期的治疗过程中遵从医嘱，定时来医院随诊。